随着经济的不断发展以及人们生活水平的不断提高，食品安全成了人们最为关心的问题，食品是否安全，直接关乎着我们的生命安全。而微生物导致的食品腐败变质、微生物毒素(致病菌、寄生虫)及传染病流行(肝炎病毒)引起的食源性疾病是我国食品安全的头号问题。
在我国的食品卫生管理中，微生物指标分为菌落总数(细菌总数)、大肠菌群、霉菌、酵母菌与致病菌。它们造成食源性疾病，可表现为轻度不适应慢性疾病甚至有生命危险。致病菌是食品安全的杀手，在我国的食品卫生标准中规定为“不得检出”。

菌落总数的测定是食品卫生检验的一个重要指标。菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，它反映食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。菌落总数的多少在一定程度上标志着食品卫生质量的优劣。

食品中常见的卫生指示菌一般分为三种类型：

第一种类型的指示菌是为了评价被检样品的一般卫生质量、污染程度以及安全性，最常用的是菌落总数、霉菌和酵母菌数。

第二种类型是特指粪便污染的指示菌，主要指大肠杆菌和大肠菌群，其它还有肠球菌、亚硫酸盐还原梭菌等。它们的检出标志着检品受过人、畜粪便的污染，而且有肠道病原微生物存在的可能性。

第三种是其它指示菌，包括某些特定环境不能检出的菌类（如特定菌、某些致病菌、或其它指示性微生物），这些指示菌，在不同的样品中有不同的指示意义。

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